В настоящее время структура Центра международного образования МГУ выглядит следующим образом:

Высшим коллегиальным органом является Учёный Совет.

Учебную деятельность осуществляют 2 основных отделения:
• отделение предуниверситетской подготовки иностранцев к учёбе на основных факультетах МГУ и в ведущих вузах страны;
• отделение повышения квалификации и стажировок.

Основная структурная единица ЦМО — кафедра.

В Центре международного образования 4 кафедры:
• кафедра русского языка начального этапа обучения (предуниверситетская подготовка);
• кафедра русского языка повышения квалификации и стажировок;
• кафедра гуманитарных наук;
• кафедра естественных наук.

В тесном контакте с кафедрами работают Центр тестирования иностранных граждан по русскому языку и несколько межкафедралъных лабораторий:
• лаборатория новых технологий обучения;
• лаборатория информационных технологий обучения, которая обеспечивает работу компьютерных классов и осуществляет издательскую деятельность;
• лаборатория технических средств обучения и учебного телевидения. В составе лаборатории ТСО и УТ имеются лингафонные кабинеты и видеоклассы, студия звукозаписи и фотолаборатория.

В составе ЦМО — 5 отделов:
• учебный отдел;
• отдел приёма и внеаудиторной работы;
• отдел организации научно-методической работы;
• отдел контрактов и формирования контингента;
• административно-хозяйственный отдел.